زیست 20. جنبه های تکنیکی پروتئومیک کارکردی در گیاهان

جنبه های تکنیکی پروتئومیک کارکردی در گیاهانچکیدهاز زمان تکمیل توالی های ژنومی ارگانیسم های متعدد ، تجزیه و تحلیل پروتئوم توجهات را به تعیین کارکرد و شبکۀ کارکردی پروتئین ها معطوف کرده است.این تجزیه و تحلیل با جدا سازی و شناسایی پروتئین ها،تعیین کارکرد و نقش آنها و شبکۀ کارکردی و ساخت یک پایگاه داده ایی مناسب حاصل می شود.پیشرفت های بسیاری در زمینۀ جداسازی و شناسایی پروتئین ها مانند الکتروفروز دو بعدی ،کروماتوگرافی نانو مایع و طیف سنجی جرمی به سرعت حاصل شده اند. برخی تکنولوژی های جدید مانند طیف سنجی جرمی بالا- پایین  و خاص سازی میل ترکیبی پشت سر هم(tandem affinity purification) بوجود آمده است. این روش ها امکان تجزیه و حلیل توان عملیاتی زیاد کارکرد و شبکۀ کارکردیپروتئین ها در گیاهان را فراهم می کند. اما برای رسیدگی به اطلاعات زیاد حاصل از این تجزیه و تحلیل های پروتئوم ، روش ها و نرم افزارهای پیچیده تری لازم است. پیشرفت و انطباق این تکنیک ها ، تجزیه و تحلیل برش عمودی پروتئین ، شناسایی تغییرات بعد از ترجمه و فعل و انفعال پروتئین- پروتئین را آسان می کند که برای روشن سازی وظایف پروتئین حیاتی است. 

زیست 15. فعالیت پروتئاز گردۀ آلرژی زای Cedar, Cypress, Juniper, Birch and Ragweed

فعالیت پروتئاز گردۀ آلرژی زای Cedar, Cypress, Juniper, Birch and Ragweedچکیده:زمینه: گرده محرک مهم تورم غشاء مخاط بینی، ورم ملتحمه و آسم میباشد و علاوه بر این در آماس سطح پوست نیز نقش دارد.  با وجود اینکه مطرح میشود که فعالیت پروتئازی ناشی از منابع آلرژی مانند ذرات ریز ،حساسیت وآلرژی زایی رابیشتر می کند، اما اطلاعات کمی در این باره از گرده های آلرژی زا مانند گردۀ cedar ژاپنی و cypress ژاپنی وجود دارد. این درخت ها عامل اصلی تب یونجه در ژاپن میباشند.
روش ها:ما فعالیت پروتئازی ناشی از گردۀآلرژی زای cedar, Japanese cypress ژاپنی و juniper کوه Rocky که متعلق به خانوادۀ Cupressaceae_Taxodiaceae است و birch سفید و ragweed کوتاه رابااستفاده از سوبستره های سنتتیک و بازدارنده های مختص طبقه را تجزیه و تحلیل کردیم.

زیست 18. ترکیب و کشت پروتوپلاست بین براسیکا کاریناتا و براسیکا ناپوس

ترکیب و کشت پروتوپلاست بین براسیکا کاریناتا و براسیکا ناپوس چکیده در این مقاله اقداماتی در جهت انتخاب ژنوتیپ های مسئول در آزمایشگاه و ترکیب پروتوپلاست های  جدا شده براسیکا کاریناتا و براسیکا ناپوس تولید کنندۀ خطوط (BC DH Dodolla، BC D-1، BC DH-6 ، و BN OP-1, BN-SL-03/04) بدست آمده از آزمایشات قبلی انجام شد. ترکیب سه غلضت متفاوت PEG  (20%،25% و 30%)و دو دورۀ متفاوت تیمار (15و 20 دقیقه) آزمایش شد. ما در آزمایشات خود،  ژنوتیپ های متعددی ( براسیکا کاریناتا DH BC-6  و DH BC-1، براسیکا ناپوس DH OP-01) با قابلیت  احیاءرضایت بخش کالوز کشت های پروتوپلاست را شناسایی کریم.  ترکیب درست و کامل غلضت وزمان  تیمار PEG ، فراوانی ترکیب پروتوپلاست بین ژنوتیپ های مورد استفاده را تعیین کرد. با وجود اینکه طبق ارزیابی ها محلول PEG 30% بهترین غلظت را داشت اما مقدار زیاد multifusantها که در کاربردهای عملی لزومی ندارد، با تیمار طولانی تر PEG  به طور ویژه در ظروف پتری  مشاهده شد. در کل، 25% PEG به همراه 20 دقیقه تیمار ، اندازۀ ترکیب رضایت بخش بود  و میزان دوام پذیری نیز خوب بود. 
کلیدواژها: براسیکا کاریناتا، براسیکا ناپوس، کشت پروتوپلاست، ترکیب پروتوپلاست

زیست 23. تنظیم رونوشتی ROS ،گذر از تکثیر به تفکیک در ریشه را کنترل می کند

تنظیم رونوشتی ROS ،گذر از تکثیر به تفکیک در ریشه را کنترل می کند خلاصهتوازن و تعادل بین تفکیک و تکثیر سلولی از جنبه های مهم ارگانیسم های چند سلولی می باشد. ما با استفاده از داده های بیان ریشۀ آرابیدوپسیس عامل رونویسی UPBEAT1(UPB1) را شناسایی کردیم که این توازن وتعادل را تنظیم میکند.برش عمودی بیان گستردۀ ژنومی به همراه آنالیز ChIP-chip نشان داد که UPB1 بیان مجموعه ایی از پراکسیدازهایی که تعادل گونۀ اکسیژن واکنشی (ROS) بین منطقۀ تفکیک سلول و منطقۀ ازدیاد سلول در جایی که تفکیک شروع میشود را مدوله می کند،مستقیما تنظیم می کند.توزیع فعالیت UPB1 ،تعادل ROS را دستخوش تغییر می کند، و باعث تأخیر آغاز تفکیک میشود. مدولاسیون تعادل ROS و فعالیت پراکسیداز از طریق واکنشگرهای شیمیایی به روشی که با عملکرد UPB1 همخوانی دارد، بر آغاز تفکیک تأثیر میگذارد. این مسیر جدا از نشانه دهی هورمون گیاهی اکسین و سیتوکینن عمل می کند.مقایسه با کنترل رشد تنظیم شده با ROS در حیوانات نشان می دهد که یک مکانیسم مشابه درگیاهان و حیوانات وجود دارد.

زیست 14. آزمایش مبنی بر ترانسکریپتوم آلرژی زاهای گردۀ برنج (Oryza sativa ssp.japonica)

آزمایش مبنی بر ترانسکریپتوم آلرژی زاهای گردۀ برنج (Oryza sativa ssp.japonica)چکیده:آلرژی زاهای گرده از فراوانترین محصولات رونویسی شده و ترجمه شده در تاریخچۀ زندگی گیاهان و بویژه گیاهان علفی می باشد. برای شناسایی آلرژی های گوناگون گرده ایی در برنج، آلرژی زاهای مفروض در ژنوم برنج شناسایی شد و بیان آنها بااستفاده از ریزآرایۀ GeneChip برنج Affymetrix 57K شاخصه بندی کردند. در بین فراوانترین رونوشت های داوطلب مختص گرده می توان به Ory s 1 beta-expansin، Ory s 7 EF hand، Ory s 2، Ory s 11, Ory s 12 profilin A، Ory s 23، خانوادۀ 28 گلیکولیز هیدرولاز (پلی گالاکتوروناز) و پروتئین های متصل FAD اشاره کرد. پروتئین های گرده که زیاد بیان شده بودند در چند عدد رونوشت(کپی) به مقدار فراوان وجود داشتند و گاها با تصاویر آینه ایی واقع در مناطق نزدیک نوار مخالف DNA همراه بودند. بسیاری از این پروتئین های گرده بدون اینترون هستند و بصورت رونوشت هایی که رونوشت تقریبا یکسان عناصر تنظیمی خود را حفظ می کنند، متصل میشوند.